Sequences to trees: multiple sequence alignment and direct optimization under parsimony, likelihood, and Bayesian optimality
O Dr. Ward C. Wheeler, renomado pesquisador e curador de invertebrados do American Museum of Natural History, tem como principal linha de pesquisa os métodos teóricos em sistemática filogenética. Nesta palestra são debatidos o alinhamento múltiplo de sequências, o conceito de homologia dinâmica e os efeitos de diferentes alinhamentos na seleção de hipóteses utilizando diversos critérios de otimização (e.g., parcimônia, verossimilhança, probabilidade posterior). O alinhamento múltiplo de sequências é um procedimento heurístico tão ou mais complexo que a busca de árvores, porém problemas de inferência de alinhamentos são amplamente negligenciados na sistemática filogenética. Métodos que usam alinhamento múltiplo de sequências usualmente seguem um padrão de observação (sequências) seguido de alinhamento (inserção de “gaps”) e reconstrução filogenética. No contexto da homologia dinâmica, a busca por topologias ótimas independe do alinhamento. As vantagens da homologia dinâmica sobre o alinhamento múltiplo de sequências são debatidas e demonstradas à luz de dados empíricos e simulações.
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