A promoção da agroecologia na agricultura familiar passa pela demonstração de sua superioridade econômica em relação aos sistemas tradicionais e/ou convencionais. Esse melhor desempenho, que é tanto econômico como agronômico, resulta do fato de os sistemas em transição serem mais diversificados e integrarem atividades agrícolas, agroflorestais, de criação animal e tecnologias e práticas de manejo que intensificam processos ecológicos de regeneração de sua fertilidade.

Os procedimentos convencionais de análise econômica na agricultura do tipo custo-benefício são insuficientes ou inadequados para incorporar elementos da análise de sustentabilidade de sistemas complexos.

Assim, a metodologia ora proposta segue a trajetória dos diagnósticos de agroecossitemas que a AS-PTA vem desenvolvendo desde a década de 1990 e incorpora na sua análise, entre outros: linha do tempo do agroecossistema e do território ao qual ele pertence, valoração do produto completo da produção (não só da sua parte comercializada), relação com os mercados, participação social, equidade de gênero e geração e acesso a políticas públicas.